Ngày 25/5/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 3364/CT-KTr về tăng cường quản lý thuế đối với hoạt động kinh doanh nha khoa, chăm sóc sức khỏe và thẩm mỹ. Văn bản yêu cầu cơ quan thuế địa phương rà soát, phân tích rủi ro và lựa chọn người nộp thuế có dấu hiệu nghi vấn để giám sát, kiểm tra phù hợp. Chuyên đề được triển khai từ tháng 6 và kết thúc trong tháng 12/2026.

Điều này không có nghĩa mọi phòng khám nha khoa đều bị “thanh tra đồng loạt”. Nhưng nó cho thấy một thay đổi rất rõ: cơ quan thuế đang nhìn tính nhất quán của cả hệ thống dữ liệu, chứ không chỉ đọc con số doanh thu doanh nghiệp tự kê khai.

1. Doanh thu có hợp lý với quy mô hoạt động không?

Công văn 3364/CT-KTr nêu rõ dấu hiệu rủi ro khi tỷ lệ doanh thu khai báo thấp bất thường so với quy mô hoạt động. Quy mô ở đây được nhìn qua nhiều dữ liệu: mức đầu tư trang thiết bị, cơ sở vật chất, số lượng bác sĩ và nhân viên, tiền thuê mặt bằng, điện, nước và các chi phí vận hành khác.

Nói đơn giản, một cơ sở đầu tư lớn, có nhiều ghế nha, nhiều bác sĩ, hoạt động liên tục nhưng doanh thu kê khai rất thấp thì khoảng cách đó cần có lời giải thích hợp lý.

ProsFIN không khuyến nghị doanh nghiệp tự lấy “số ghế × số ca × bảng giá” để suy ra doanh thu rồi coi đó là doanh thu tính thuế. Cách tính công suất chỉ nên dùng như một công cụ tự kiểm tra nội bộ để phát hiện điểm vô lý trước khi cơ quan quản lý đặt câu hỏi.

2. Số hóa đơn phát hành có đi cùng dịch vụ thực tế?

Một trong những dấu hiệu được Cục Thuế nêu trực tiếp là số lượng hóa đơn phát hành thấp. Khi kiểm tra trọng điểm, nội dung cần chú ý còn bao gồm việc lập và xuất hóa đơn khi hoàn thành cung cấp dịch vụ.

Với nha khoa, điểm dễ phát sinh lệch là dịch vụ kéo dài nhiều giai đoạn: niềng răng, implant, phục hình, điều trị theo liệu trình. Vì vậy, cơ sở phải thống nhất rõ từ hợp đồng, chính sách thu tiền, thời điểm hoàn thành từng phần việc đến thời điểm lập hóa đơn theo quy định. Nếu phần mềm điều trị nói một kiểu, thu tiền một kiểu và hóa đơn lại một kiểu, rủi ro nằm ngay trong chính dữ liệu của doanh nghiệp.

3. Dòng tiền có khớp với doanh thu đã ghi nhận?

Công văn 3364/CT-KTr yêu cầu chú trọng đối chiếu dữ liệu từ ngân hàng, thanh toán điện tử và dữ liệu quản lý thuế để xác định dòng tiền, doanh thu thực tế; đồng thời lưu ý các hình thức thu tiền không chính thức hoặc tiền mặt không kê khai.

Đây là lý do một cơ sở nha khoa không nên để tiền dịch vụ đi lòng vòng qua nhiều tài khoản cá nhân, nhiều mã chuyển khoản khó nhận diện hoặc thu tiền nhưng không có quy trình đối soát cuối ngày.

Cũng cần diễn đạt cho đúng: không thể nói cơ quan thuế đương nhiên được kiểm tra mọi tài khoản của người thân, nhân viên hay cổ đông. Việc tiếp cận, xác minh dữ liệu phải có căn cứ, thẩm quyền và trình tự pháp luật. Doanh nghiệp nên kiểm soát giao dịch liên quan đến hoạt động kinh doanh thay vì suy diễn phạm vi quyền kiểm tra.

4. Vật tư nha khoa có “kể” một câu chuyện khác với doanh thu?

Chi phí vật tư y tế không tương xứng với doanh thu là một dấu hiệu rủi ro được nêu trong Công văn. Cơ quan thuế cũng lưu ý hóa đơn đầu vào có dấu hiệu hợp thức hóa hoặc đến từ người nộp thuế rủi ro cao.

Với phòng nha, kế toán nên theo dõi được vật tư theo nhóm dịch vụ: implant, mắc cài, vật liệu phục hình, thuốc, vật tư tiêu hao. Không phải cứ dùng nhiều vật tư là chắc chắn doanh thu phải cao; có hao hụt, hủy, điều trị bảo hành và nhiều tình huống chuyên môn khác. Nhưng nếu chênh lệch lớn, doanh nghiệp phải có hồ sơ giải thích.

Một hệ thống kiểm soát nội bộ tốt cần nối được: mua vật tư → nhập kho → xuất dùng → hồ sơ điều trị → doanh thu → hóa đơn.

5. Quảng cáo và khuyến mại có hợp lý với doanh thu?

Cục Thuế coi hoạt động quảng cáo, khuyến mại vượt mức bình thường là một trong các dấu hiệu cần phân tích rủi ro. Khi kiểm tra, việc tuân thủ quy định về khuyến mại cũng là nội dung được chú trọng.

Điều CEO cần quan tâm không phải “chạy quảng cáo nhiều có bị soi không”. Chạy nhiều không phải vi phạm. Vấn đề là doanh nghiệp chi mạnh để kéo khách, lịch hẹn dày, đội bán hàng hoạt động liên tục nhưng doanh thu ghi nhận lại thấp bất thường, hoặc chương trình giảm giá công bố một kiểu trong khi hóa đơn và sổ sách phản ánh kiểu khác.

Muốn an toàn, chính sách giá, chương trình giảm giá, phê duyệt, dữ liệu bán và hóa đơn cần thống nhất.

6. Tiền lương, hoa hồng và thuế thu nhập cá nhân có logic?

Công văn cũng yêu cầu chú trọng khai báo và khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của nhân viên, cộng tác viên. Với ngành nha khoa, đây là điểm đáng lưu ý vì thu nhập có thể gồm lương cố định, hoa hồng bác sĩ, thưởng doanh số, cộng tác chuyên môn hoặc chi trả theo ca.

Nếu hoa hồng bán hàng hoặc thu nhập bác sĩ thể hiện quy mô hoạt động khá lớn nhưng doanh thu kê khai lại thấp, doanh nghiệp nên tự đối chiếu trước. Kế toán không nên chờ đến khi có quyết định kiểm tra mới bắt đầu tìm cách ghép dữ liệu.

Phòng nha chuyên chỉnh nha: doanh thu không sai, nhưng dữ liệu không khớp

Tình huống minh họa phương pháp tự rà soát, không phải dữ liệu của một khách hàng cụ thể.

Cơ sở có nhiều khách niềng răng thanh toán theo từng đợt. Bộ phận lễ tân theo dõi lịch đóng tiền trên phần mềm riêng, kế toán ghi doanh thu theo sao kê, còn một số khoản đặt cọc lại được theo dõi bằng bảng tính. Tổng tiền cuối kỳ không chênh nhiều, nhưng từng khách lại rất khó ghép.

Khi rà lại, vấn đề không nằm ở việc “thiếu doanh thu lớn” mà ở chỗ doanh nghiệp không chứng minh nhanh được mối liên hệ giữa hồ sơ điều trị, lịch thu tiền, hóa đơn và công nợ.

Bộ tự kiểm tra 10 điểm trước khi cơ quan thuế làm việc

Lưu ý: các dòng về lịch hẹn, hồ sơ điều trị và nguồn vốn là checklist tự kiểm tra quản trị do ProsFIN đề xuất để doanh nghiệp chứng minh tính logic của số liệu; không phải danh mục đóng của Công văn 3364/CT-KTr.

Cảnh báo pháp lý: rủi ro không dừng ở truy thu

Từ 16/01/2026, Nghị định 310/2025/NĐ-CP quy định mức phạt hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ theo số lượng hóa đơn vi phạm; khung cao nhất đối với trường hợp từ 50 số hóa đơn trở lên là 60-80 triệu đồng.

Nếu hành vi thiếu doanh thu, dùng hóa đơn không hợp pháp hoặc các thủ đoạn khác đủ yếu tố trốn thuế, mức phạt hành chính có thể từ 1 đến 3 lần số thuế trốn, kèm nghĩa vụ nộp đủ số thuế và tiền chậm nộp. Trường hợp đạt ngưỡng hình sự, Điều 200 Bộ luật Hình sự quy định cá nhân phạm tội trốn thuế có thể bị phạt tù tới 7 năm.

Không nên suy diễn: một sai sót hóa đơn hay chênh lệch dữ liệu không tự động trở thành tội trốn thuế. Cơ quan có thẩm quyền phải xem xét hành vi, lỗi, số tiền, chứng cứ và các điều kiện pháp luật cụ thể.